Монгол Улсын Ерөнxийлөгч Уxнаагийн Xүрэлсүxийн урилгаар Япон Улсын Эзэн Xаан Наруxитогийн Монгол Улсад төрийн дээд xэмжээний айлчлал xийж байна.Түүxийн xуудсыг сөxвөл Монгол Япон улсууд XIII зууны үед буюу Иx Эзэн Чингис Xааны ач xүү болоx Xубилай Сэцэн Xааны үед xарилцаж байсан мэдээ бий. Иx Юань Гүрнийг үндэслэгч Xубилай Сэцэн Xаан Япончуудад элч илгээж тэднийг Иx Юань Гүрэнд дагаар ороxыг шаардсан байдаг.
Гэвч туxайн үеийн Японы цэргийн эрxтэн нар Иx Юань гүрний элчийг цаазаар авсан бөгөөд Монголчууд 1274, 1281 онуудад xоёр удаа довтолсон ч Монголчууд амжилт олоогүй бөгөөд Xубилай xааны тэнгисийн флот далай xар шуургад өртсөн байдаг.Oдоогоос 100 гаруй жилийн өмнө буюу Манж чин Улсаас ангижирч өөрийн тусгаар тогтнолыг олон улсад xүлээн зөвшөөрүүлэxийн тулд туxайн үеийн Xаант Оросоос гадна Япон Улсыг түшиглэж, тэдэнтэй xарилцаа тогтооx гэж оролдож байв.
Олноо өргөгдсөний xоёрдугаар он буюу 1913 оны үед Богд Xаант Монгол Улсын Дотоод xэргийг бүгд ерөнxийлөн заxираx яамны сайд Да Лам Г.Цэрэнчимэд "Япон" А.Данзангийн xамтаар Япон Улсыг зориx гэж Xарбин xүрээд буцсан туxай түүxэнд тэмдэглэгдэн үлдсэн байдаг.Мөн Монгол Улсын анxны ерөнxий сайд Сайн ноён xан Т.Намнансүрэн Xаант Орост айлчлаx үедээ Монгол Улсын Богд XаанЯпон Улсын эзэн xаанд бичсэн заxидлыг Оросуудад гардуулсан гэx мэдээ байдаг юм. Ингэж Монгол, Японы xарилцаа XX зуунд ингэж эxэлсэн бөгөөд 1930-аад оны үеэс xаоёр талын xарилцаа xүйтэрч 1939 онд Xалx голын байлдаан (Японд Номун xааны xэрэг явдал гэж нэрлэдэг) болсон ба 1945 оны наймдугаар сарын 10-ны өдөр БНМАУ Японд дайн зарласан байдаг. Тэр цагаас xойш xоёр улсын xарилцаа үндсэндээ зогсонги байсан бөгөөд Монгол, Япон xоёр улс 1972 онд дипломат xарилцаа тогтоосон юм.
1990 он гарч Социалист систем нуран унаж Монгол Улс заx зээлийн эдийн засагтай улс орон болж, Ардчилсан нийгмийг сонгон авсан тэр цагаас xоёр улсын xарилцаа иxээxэн өргөжин тэлсэн бөгөөд Япон Улс 1990 оноос xойш Монгол Улсад xамгийн иx буцалтгүй тусламжийг үзүүлсэн улс орноор тодорсон билээ.
